1934 erstellte er im Auftrag der Besitzerfamilie Blattmann einen Neubau für die
Metallwarenfabrik Wädenswil. Als Konzept – wie auch bei den späteren Fabriken – liegt dem Bau ein Layout der Betriebsabläufe zugrunde. Entstanden ist ein heller, durch den verglasten Mitteltrakt modern wirkender Fabrikkomplex, dessen Funktionalität sich jahrzehntelang bewährte. In der Folge erhielt Fischli weitere Aufträge für Fabrikbauten im Raume Wädenswil-Horgen, u.a. 1941 einen kleinen Umbau für die Adolf Feller AG, Horgen, dem bis 1973 weitere folgten. Mit der Direktorin Elisabeth Feller war er befreundet und wurde zu allen Fragen der Gestaltung beigezogen. So bestückte er die von ihm für die Fabrikbesitzerin gebaute Villa Feller in Horgen (1963-65) auch gleich mit Kunstwerken – vorwiegend mit eigenen. Der wichtigste Bau für die Feller AG war die grosse Fabrikerweiterung von 1951/53, an dem auch Oskar Stock wesentlich beteiligt war. Kernelement ist ein modulares System, das erlaubt, nach Bedarf weitere Module hinzuzufügen, was auch mehrmals geschah. Eine eigene Erfindung ist die frontale Zickzack-Verglasung: im Prinzip eine gläserne Shed-Wand, die viel Licht, aber nicht zu viel Wärme einlässt.
Einen hohen Stellenwert in Fischlis Werk nehmen die Ausstellungsgestaltungen ein, eine Aufgabe, die seiner Improvisationsgabe besonders entgegenkam. Als Adjunkt von Hans Hofmann, dem Chefarchitekten der Schweiz. Landesausstellung 1939 in Zürich, lernte er das Metier von Grund auf kennen. Hofmann übertrug ihm auch die Gestaltung des «Palais des attractions» und des «Kinderparadieses». Ein grosser Wurf gelang ihm 1947 mit der ZÜKA (Zürcher kant. Gewerbe- und Landwirtschaftsausstellung): ein mit leichter Hand angelegter Ausstellungskomplex, der sich von den Parkanlagen am Bürkliplatz in Zürich bis zum Hafen Wollishofen hinzog. Die modern konzipierten Hallen und die in die Ausstellung integrierte aktuelle Kunst provozieren zum Teil heftige Diskussionen. Mit der Gestaltung des Schweizer Pavillons an der XIII. Triennale di Milano (1964) verabschiedete sich Fischli als Ausstellungsarchitekt.
Ende der 40er Jahre mangelte es an Aufträgen. Die Flaute nutzten Fischli und sein Mitarbeiter Fredi Eichholzer, um sich theoretisch mit dem Siedlungsbau auseinanderzusetzen und sich in die darüber geführte Debatte einzuschalten. Die Resultate ihrer Reflexionen publizierten sie 1950 unter dem Titel «Wohnungsbau und Siedlungsform» in Bauen + Wohnen. Fischli plädierte für architektonisch differenzierte, sozial und kulturell durchmischte Satellitenstädte, die über Schnellstrassen und den Dienstleistungs- und Industriezonen zu verbinden wären. Unter differenzierter Bebauung verstand Fischli, dass in einer Siedlung verschiedene Wohnbedürfnisse abzudecken seien, so das Einfamilienhaus für kinderreiche Familien, das Wohnhaus für kleine Familien und das Hochhaus für Leute, die, wie der Schriftsteller und Architekt Max Frisch einmal schrieb, keinen Sandhaufen mehr brauchen. In anderen Fragen war Fischli mit Max Frisch weniger einverstanden. Während Frisch in «Wir selber bauen unsere Stadt» (1953) politisch argumentierte, suchte Fischli nach pragmatischen Lösungen, da er nicht daran glaubte, dass sich die Eigentumsverhältnisse in absehbarer Zukunft ändern würden. Für Fischli war es deshalb folgerichtig, dass er sich nach den theoretischen Exkursen wieder dem praktischen Wohnungs- und Siedlungsbau zuwandte mit dem Ziel, durch kluges Planen preiswerte Wohnungen zu errichten.
In den frühen 50er Jahren entwickelte Fischli einen einfachen Mehrfamilienhaustyp, «Haustyp Fischli», den er an verschiedenen Orten realisieren konnte. Mit der Typisierung wollte er v.a. die Kosten für die «Architektur» senken. Der Ruf, anständige Wohnungen preiswert bauen zu können, brachte dem Büro Fischli – es beschäftigte zeitweise bis zu 20 Angestellte – in den 60er Jahren einige Grossaufträge. So erhielt er vom
Industrie-Arbeitgeber-Verein Wädenswil-Richterswil, dessen Gründung auf eine Initiative Willi Blattmann zurückging, den Auftrag für die Siedlung Gulmenmatt in Wädenswil (1960-62). Die Siedlung besticht durch die Disposition der einzelnen Bauten, die geschickt die Höhenunterschiede nutzend locker hingestellt einen Hofraum bilden. Für die Siedlung entwickelte Fischli einen standardisierten Wohnungsgrundriss, den er in allen späteren Wohnbauten verwendete. Kennzeichen dieses Grundrisses ist der durchgehende Wohnraum, wobei die eine Seite in der Regel als Essplatz mit einer Durchreiche zur Küche ausgestaltet war. Der Wohnungsraum diente gleichzeitig der Erschliessung, so dass die Korridore auf ein Minimum reduziert werden konnten. Fischli versuchte auch, die Nutzungsflexibilität der Wohnungen zu erhöhen, indem er die Eltern- und Kinderzimmer grössenmässig nicht differenzierte.
1954-61 war Fischli Direktor der Kunstgewerbeschule und des Kunstmuseums Zürich. Das Architekturbüro leitete in dieser Zeit sein Kompagnon Fredi Eichholzer. Als Direktor versuchte er an die Traditionen des Bauhauses anzuknüpfen (Materialübungen). Im Vordergrund stand dabei die Berufs- und nicht die Kunstausbildung.
Fischli betätigte sich auch als Villenarchitekt. Ein eindrückliches Beispiel ist die Villa Guggenbühl in Herrliberg (1961/62), eine einstöckige Atriumvilla über quadratischem Grundriss. Geometrisch komponierte weisse Betonwände prägen den eleganten Bau. An den prominentesten Ort, in der Mitte des Atriums, setzte er seine eigene Skulptur «Eineck. Mutti» (1962), gleichsam als Hinweis, fortan die Skulptur ins Zentrum seines schöpferischen Schaffens zu rücken. 1976 löste Fischli sein Architekturbüro auf.